马克思主义学院前身为“两课”教学部，是直属学校领导的、独立设置的二级教学科研机构。学院设有办公室、教学科研科两个行政科室；设有德育、马克思主义中国化、马克思主义基本原理、中国近现代史纲要、形势与政策、四史、习近平新时代中国特色社会主义思想概论等七个教研室；江西省高校人文社会科学重点研究基地“九江学院社会系统学研究中心” 挂靠在马克思主义学院。在2004年全省高校“两课”教学质量评估和2007年全省高校思想政治理论课教学质量评估中，学院均获得优秀成绩。

马克思主义学院在学校党委、行政的正确领导下，坚决贯彻落实习近平总书记关于教育的重要论述特别是关于高校思想政治理论课、马克思主义学院建设的重要指示批示和党中央决策部署，深入贯彻落实学校思想政治理论课教师座谈会、全国教育大会、全国高校思想政治工作会议精神，针对高校思想政治理论课建设新要求，大胆创新，在思想政治理论课教学内容、方法、手段、实践教学、课程与队伍建设等方面锐意改革，全面推动习近平新时代中国特色社会主义思想进教材进课堂进学生头脑，进一步增强学生对思想政治理论课的获得感，充分发挥思想政治理论课主渠道、主阵地作用,用习近平新时代中国特色社会主义思想铸魂育人。

马克思主义学院现拥有专任教师92名。其中有全国高校思想政治理论课教学骨干1名、江西省中青年学科带头人1名、省中青年骨干教师3名，2人受聘外校研究生导师，1人荣获得江西省“十大优秀思政课教师”称号，2人获得江西省“十大优秀思政课教师”提名奖，3人获评江西省优秀思政课教师，1人荣获江西省“全省模范教师”称号。

马克思主义学院秉承“守正扬道、立德铸魂”的院训，坚持“育人为本、德育为先”的教育理念，不断提高思想政治理论课教育教学质量，不断提升大学生思想政治素质和理论水平，不断推进九江学院思想政治理论课教育教学工作迈上新的台阶。